Shopify is an excellent platform for managing online sales, but the invoices and order documents it generates by default are designed for e-commerce operations, not for accounting or tax reporting.

Because of this, Shopify invoices often do not include all the financial information required for proper bookkeeping or tax compliance.

Why Shopify invoices are not accounting-compliant

Invoices generated directly by Shopify frequently lack key financial details, such as: A clear subtotal (net amount before VAT), a defined taxable base used to calculate VAT, and a structured VAT breakdown suitable for accounting reports

Even if the invoice shows a VAT amount and total, the missing subtotal means accountants must manually recalculate the taxable base, which can lead to errors and is not acceptable for proper accounting or audits.

For accounting systems like Companio’s, invoices must contain clear financial structure so they can be validated and reconciled correctly. 

How to generate proper invoices from Shopify

To produce accounting-ready invoices, Shopify merchants should use one of the following two solutions.

Option 1 (Recommended): Use a Shopify invoice app

The simplest and most reliable solution is installing a dedicated invoicing app.

These apps automatically generate invoices that include all required accounting information, such as:

• Subtotal (net amount)
• VAT amount and rate
• Total amount
• Seller legal details
• Proper invoice structure for tax reporting

Recommended apps (EU-friendly)

• Sufio – Professional Invoices (paid, highly compliant)
• Order Printer Pro (free plan + paid tiers)
• Simple Invoice – Order Printer (free plan with basic usage)

How to set it up

1. Go to Shopify Admin → Apps → Shopify App Store
2. Search for one of the recommended invoice apps
3. Install the app
4. Enable automatic invoice generation
5. Verify that invoices display:

• • Subtotal (before VAT)
  • VAT amount
  • Total

Option 2: Customize Shopify’s Order Printer template (100% Free)

If you prefer a free solution, you can use Shopify’s Order Printer app. However, it requires a small template modification, because Shopify does not display the subtotal by default.

What this solution involves

• No cost
• No invoice limits
• One small template change (no advanced coding required)

Step-by-step: Add the Subtotal using Order Printer

1. Install Order Printer

1. Go to Shopify Admin → Apps
2. Search for Order Printer (by Shopify)
3. Install the app

2. Open the invoice template

1. Go to Apps → Order Printer
2. Click Templates
3. Open the Invoice template
4. Click Edit

3. Add the subtotal calculation

Paste the following code above the VAT / Tax line in the template:

{% assign subtotal = 0 %}
{% for item in order.line_items %}
  {% assign subtotal = subtotal | plus: item.line_price %}
{% endfor %}

<p>
  <strong>Subtotal:</strong>
  {{ subtotal | money }}
</p>

This code calculates and displays the net subtotal, which accountants need to validate VAT calculations, identify the taxable base and prepare accurate accounting and tax reports

4. Save and test

1. Click Save
2. Open any order
3. Print or download the invoice

Finally, confirm that the invoice now includes the Subtotal, VAT and Total

Updated on: 16/03/2026